Hoe maak je een VOB -bestand maken

Hoe maak je een VOB -bestand maken Comstock / Comstock / Getty Images

Protein databank (VOB) bestanden worden gebruikt door computational biologen eiwit structuur, functie en eigenschappen, zoals drugs bindend studieadvies.VOB bestanden zijn verkrijgbaar bij verschillende archieven en zijn een industrie-standaard formaat voor de weergave van technische gegevens van structurele experimenten zoals röntgendiffractie of nucleaire magnetische resonantie.VOB-bestanden maken is zeer ingewikkeld en vereist een grondige kennis van de uitgebreide structurele chemie, het programmeren van software en geavanceerde bio-informatica.Online gereedschap worden nu gebruikt om deze enigszins vereenvoudigd.Hoewel vereist bij elke stap, codering en programmering details worden weggelaten uit de volgende samenvatting van de schepping VOB-bestand met de RCSB VOB gereedschappen.

wat je nodig hebt

  • breedband internettoegang
  • Eiwit kristallografie ruwe data bestanden

VOB-bestanden maken in RCSB Data Bank

  1. Verzamel technische gegeven

    s betreffende het eiwit of nucleïnezuur van interesse met behulp van de structuur, die de gebruiker vóór aanvang zou hebben verkregen.Sequence archieven zoals UniProt of BLAST worden gewoonlijk gebruikt.Als liganden of andere bindende moleculen worden gebruikt, probeer Ligand Expo.Een uitgebreide lijst van bestanden en gegevens die nodig zijn voor het VOB dossier volledig te zijn, en dit kan het volgende omvatten: coördinatie van bestanden, structuur factor bestanden, sequentie-informatie, broninformatie, biologische assemblage, het verzamelen van gegevens methode, data verwerkingsmethode, statistieken vanverfijning, software en tools gebruikt.

  2. Analyseer de technische gegevens van de doeleiwit te bepalen of de experimentele methode voor de numerieke waarden verzamelen werd door röntgendiffractie van kernspinresonantie.

  3. Verander de gegevens in een formaat dat de online tool zal begrijpen door te zetten met behulp van RCSB's "SF-Tool." Zorg ervoor dat de ingevoerde gegevens was de laatste gecorrigeerd eiwit kristal, bekend als de kristallografische verfijning.Een lijst met definities en dataformaten is beschikbaar op de website.

  4. Run "VOB Extract 4" of andere vormen van ADIT, die zal compileren en de voorbereiding van de experimentele gegevens voor de afzetting als een PDB bestand.Om dit te doen, voert u de laatste post-verfijning coördineert, bestanden detaillering structuur factoren en alle logbestanden.De online tools automatisch extraheren alleen de relevante statistieken en technische gegevens, zoals structuur oplossing, scaling of verfijning.Ook dienen alle relevante gegevens die niet was opgenomen in de oorspronkelijke bestanden, zoals naam en citatie-informatie van de auteur.

  5. Controleer of de structuur juist is.Dit omvat het valideren van informatie, zoals de bestandsindeling, structurele coördinaten of factor bestanden.Ook bevestigen de volgorde in de data sjabloon voor fouten zoals ontbrekende zijketen dichtheden, het klonen van artefacten of zuivering labels.Eventuele fouten moeten hier worden bewerkt met ADIT of andere command line tools.

Tips & amp;Waarschuwingen

  • Merk op dat er veel commerciële software pakketten beschikbaar die deze procedure te vereenvoudigen, maar deze zullen nog steeds een hoge mate van bekendheid en de kennis van de bioinformatica en biochemie.
  • VOB-bestanden maken is niet geschikt voor leken of ongetrainde personen als gevolg van de absolute vereiste van een goed begrip van de structurele chemie en andere gespecialiseerde biochemische of bioinformatica disciplines.Op zoek gaan naar een ervaren wetenschapper voor een demonstratie van zijn methoden, aangezien verschillende laboratoria zal openen en gebruiken verschillende instrumenten.Probeer dit niet zonder voorafgaande training, als een onjuiste of beschadigd PDB bestand kan worden ten onrechte aan een archief ingediend en problemen voor andere gebruikers veroorzaken.VOB archieven zijn berucht voor dergelijke fouten en inconsistenties.

Resources

  • RCSB VOB
255
0
1
College