Miten luodaATE tiedosto

Miten luodaATE tiedosto Comstock / Comstock / Getty Images

Protein tietopankista (ATE) tiedostoja käytetään laskennallisilla biologit tutkia proteiinien rakenteen, toiminnan ja ominaisuudet kuten huumeiden sitova.ATE tiedostot eri arkistoista ja ovat alan standardi muotoa näyttävä tekniset tiedot rakenteellisista kokeiluja, kuten röntgendiffraktiolla tai magneettikuvaus.ATE tiedosto luominen on erittäin monimutkainen ja vaatii perusteellista ymmärrystä monimutkaisia ​​rakenteellisia kemian, ohjelmointi ja kehittynyt bioinformatiikka.Online-työkalut ovat nyt käytetään hieman yksinkertaistaa tätä.Vaikka tarvitaan jokaisessa vaiheessa, koodaus ja ohjelmointi tiedot on jätetty pois seuraavista yhteenveto ATE tiedostojen luominen käyttäen RCSB ATE työkaluja.

mitä tarvitset

  • laajakaistayhteys
  • proteiinikristallografia raaka tiedostoja

ATE Tiedoston luomiseen RCSB Data Bank

  1. kerätä tekniset tiedot koskevat proteiinin tai nukleiinihapon käyttämällä rakennetta, jonka käyttäjä olisi pitänyt saada ennen al

    kua.Sekvenssi arkistojen kuten UniProt tai BLAST yleensä käytetään tähän.Jos ligandeja tai muita sitovia molekyylejä käytetään, yritä ligandia Expo.Laaja luettelo tiedostoista ja tietoja tarvitaan ATE hakemuksen täydelliseksi, ja tämä voi olla esimerkiksi seuraavat: koordinoida tiedostot, rakenne tekijä tiedostoja, sekvenssi-informaation, lähdetiedot, biologiset kokoonpano, tiedonkeruun menetelmä, tietojenkäsittelyn menetelmä, tilastothienostuneisuus, ohjelmistoja ja työkaluja käytetään.

  2. Analysoi tekniset tiedot kohdeproteiinin onko kokeellista menetelmää käytetään keräämään numeeriset arvot suoritettiin röntgendiffraktiolla ja ydinmagneettinen resonanssi.

  3. Muuta tiedot muotoon, online-työkalu ymmärtää muuntamalla sen käyttämällä RCSB n "SF-työkalu." Varmista, että syötetyt tiedot oli viimeinen korjattu proteiini kristalli, joka tunnetaan kiteisiä hienostuneisuus.Luettelo määritelmistä ja tietomuotojen on saatavilla.

  4. Run "ATE Ote 4" tai muita ADIT, joka kokoaa ja valmistelee kokeellista tietoa laskeuman kuin ATE tiedosto.Voit tehdä tämän, kirjoita lopullinen jälkeisen hienostuneisuus koordinaatit, tiedostoja yksityiskohtaisesti rakenne tekijät ja kaikki lokitiedostot.Verkkotyökaluja automaattisesti poimia pois vain asiaa koskevia tilastoja ja tekniset tiedot, kuten rakenne ratkaisu, skaalaus tai hienostuneisuus.Myös toimitettava kaikki asiaankuuluvat tiedot, jotka eivät sisälly alkuperäiseen tiedostoja, kuten tekijän nimi ja lainaus tiedot.

  5. Varmista, että rakenne on tarkka.Tämä sisältää validointi tietoja, kuten tiedostomuotoa, rakenne- koordinaatit tai tekijä tiedostoja.Myös vahvistaa sekvenssin sisältämät tiedot malli virheitä, kuten puuttuvat sivuketjun tiheydet, kloonaus esineitä tai puhdistukseen tunnisteita.Mahdolliset virheet on muokattava tästä käyttäen ADIT tai muita komentorivityökaluja.

Vinkkejä & amp;Varoitukset

  • Huomaa, että on olemassa monia kaupallisia ohjelmistoja paketteja jotka yksinkertaistavat tätä menettelyä, mutta nämä edellyttää vielä korkeatasoista tuntemusta ja tiedon bioinformatiikan ja biokemian.
  • ATE tiedostojen luominen ei sovi maallikoille tai kouluttamaton yksilöiden vuoksi ehdoton vaatimus ymmärrystä rakenteellisen kemian ja muut erikoistuneet biokemialliset tai bioinformatiikan alojen.Etsikää kokenut tutkija varten osoitus hänen menetelmiä, koska eri laboratoriossa, ja käyttää erilaisia ​​työkaluja.Älä yritä tätä ilman koulutusta, koska väärä tai vioittunut ATE tiedosto voi tulla erehdyksessä toimittanut arkistoon ja aiheuttaa ongelmia muille käyttäjille.ATE arkistot ovat tunnettuja virheet ja epäjohdonmukaisuudet.

Resurssit

  • RCSB ATE
292
0
1
College