Kuidas luua esialgse faili

Kuidas luua esialgse faili Comstocki / Comstocki / Getty Images

Valk andmepank (EEP) faile kasutavad arvutuslikke bioloogid uurida valgu struktuuri, funktsiooni ja omadustega nagu narkootikumide siduvad.PDB failid on saadaval erinevates arhiivides ja on standardne vorming väljapanek tehnilised andmed struktuurivahenditest eksperimendid nagu röntgendifraktsioon või tuumamagnetresonants-.Esialgse faili loomine on väga keeruline ja nõuab põhjalikku arusaamist töötada struktuursete keemia, tarkvara programmeerimine ja arenenud bioinformaatika.Hetkel vahendid on nüüd kasutada mõnevõrra lihtsustada seda.Kuigi vaja igal sammul, kodeerimine ja programmeerimine üksikasjad jäetakse välja järgmised kokkuvõte esialgse faili loomise abil RCSB esialgse tööriistad.

, mida te vajate

  • Broadband Internet
  • Valk kristallograafiaks algandmed faile

esialgse faili loomine on RCSB andmepank

  1. Koguda tehnilistele andmetele valgu või nukleiinhappe lehe struktuur, mida kasutaja peaks on saanud enne algust.Sequence arhiivi nagu

    UniProt või BLAST on tavaliselt kasutatakse seda.Kui ligandid või muude siduvate molekulidega on kasutatud, siis proovige Ligand Expo.Ulatuslik failide nimekirja ja andmed on vajalikud esialgse toimiku täielikuks, ja see võib hõlmata järgmist: koordineerida faile, struktuuri faktor faile, jada informatsiooni, lähteandmete, bioloogilise montaaž, andmete kogumise meetodit, andmetöötlemismeetodit statistikatäpsustamist, tarkvara ja tööriistad.

  2. Analüüsige tehnilisi andmeid sihtmärkvalgu teha kindlaks, kas eksperimentaalse meetodi abil kogutakse arvulised oli röntgenkiirte difraktsioon tuuma magnetresonants.

  3. Muuda andmeid formaadis, et veebipõhine mõistate, muutes selle abil RCSB on "SF-Tool." Veenduge, et andmed sisestatakse oli viimane parandatud valgu kristall, tuntud kui kristallograafilise täpsustamist.Nimekirja mõistete ja andmete formaate on kättesaadav veebilehel.

  4. Run "esialgse Extract 4" või muud stoll, mis kogub ja valmistab katseandmeid sadestumist esialgse faili.Selleks sisestage lõplik pärast täpsustamist koordineerib, failide üksikasjalikult struktuuri tegurid ja kõik logifailid.Online-tööriistad automaatselt eraldada ainult asjakohase statistika ja tehnilisi andmeid, nagu struktuuri lahendus, tagi või täpsustamist.Samuti esitab kõik asjakohased andmed, mis ei kuulu algse faile, näiteks autori nime ja tsitaadi informatsiooni.

  5. Veenduge, et struktuur on õige.See hõlmab kinnitamise info nagu failivorming, koordinaatidega või tegur faile.Samuti kinnitab järjestuse sisalduvate andmete malli vigu nagu puuduv külgahelate tihedused kloonimissabad artefakte või puhastamise sildid.Kõik vead tuleb muuta siin abil stoll või muu käsurea tööriistu.

Tips & amp;Hoiatused

  • Pange tähele, et seal on palju äri tarkvara pakette, et lihtsustada seda protseduuri, kuid need on siiski vaja kõrge tuntus ja teadmisi bioinformaatika ja biokeemia.
  • esialgse faili loomine ei sobi võhikud või matslik üksikisikute tõttu absoluutne nõue mõista struktuursete keemia ja teiste biokeemiliste või bioinformaatika erialadel.Otsima kogenud teadlane, kes näitab oma meetodeid, sest eri laborid saavad ligipääsu ja kasutada erinevaid vahendeid.Ärge üritage seda ilma eelneva koolituse, kui vale või rikutud esialgse faili saab olla eksikombel edastanud arhiivi ja tekitada probleeme teistele kasutajatele.PDB arhiivi on tuntud sellised vead ja vastuolud.

Resources

  • RCSB esialgse
344
0
1
Kolledž