Sådan at forstå flowcytometri Resultater

Sådan at forstå flowcytometri Resultater Polka Dot RF / Polka Dot / Getty Images

Forskere bruger flowcytometri at skelne mellem forskellige typer af celler eller mikroskopiske organismer.Det er et værktøj, der anvendes i mange applikationer såsom medicinsk diagnostik eller retsmedicinsk patologi.Selv om denne teknik er eksperimentelle forholdsvis let at udføre analysen af ​​de komplekse data produceret af flowcytometeret er mere vanskelig på grund af de mange eksperimentelle faktorer og / eller cytometer parametre.Som sådan er det rutine for cytometriske data, der skal visualiseres og analyseres ved hjælp af avancerede professionelle programmer såsom CELLQuest eller FlowJo.Kendskab til flowcytometri teknikker, maskiner og software er nødvendig for at forstå de resultater, som disse eksperimenter.

hvad du har brug

  • FlowJo eller anden flowcytometri dataanalyse software
  • Rådata fra flowcytometre
  • Flowcytometri eksperimentelle protokoller og maskineindstillinger

Forståelse flowcytometri data

  • Afklar formålet med forsøget ved at spørge: "Hvad var spørgsmålet eller hypotese, der undersøges?"Dette vil være forpligtet til at justere de rå resultater til et passende format og indstillinger for yderligere analyse ved hjælp af statistisk cytometri software.Foretage de ændringer er nødvendige for at få de data, der vises med de relevante indstillinger (f.eks positive celler, negative porte, fluorescens intensitet, cellepopulationer etc.).

  • Find porte.Celler kan grupperes eller blot observeret grupperet sammen på en tæthed plot eller kontur diagram.Grupperne ofte adskille afhængig af deres identitet.Hvis en gruppe pletter meget intenst for en bestemt markør eller antistof, konkluderes det, at medlemmerne af denne gruppe har alle identiteten af ​​den specifikke celle- type, som udtrykker, at markør.Det er almindeligt at finde celler, der er positive for mere end en af ​​disse markører, og disse celler er sædvanligvis et mellemprodukt og betegnet som "dobbelt-positive."

  • Kig på scattergraphs.Den måde cellegrupper spredt ud i et scatter plot er en indikation af størrelsen af ​​cellerne.Celler med meget store eller høje scatters er typisk store celler;de kan imidlertid være store, fordi de indeholder en høj andel af cytoplasmaet, eller de kan være høj, fordi de har en meget stor kerne.Afhængig af biologi, der undersøges, vil dette selvfølgelig variere meget fra eksperimenter.

  • Kig på tallene.Juster grunde til at vise forskellige parametre på en akse (sædvanligvis X-aksen), medens tællingerne på Y-aksen.Dette indikerer andelen af ​​prøven befolkningen, der er positiv for det pågældende parameter, som en top normalt vil blive observeret i en positivt-farvede prøve, som vil være fraværende fra den negative kontrolprøve.

  • Kig på multiple-parameter histogrammer.Ved at justere X-aksen og Y-aksen til hver repræsenterer en anden parameter, der blev undersøgt under eksperimentet, er det muligt at få en dybere forståelse af egenskaberne af prøven.For eksempel ved at sætte X-aksen til rød fluorescens og Y-aksen til grøn fluorescens, kvadrant-stil porte kan beregnes for prøven at vise fire områder af en kvadrant, hvor celler er til stede og farvet for enten rød eller grønfluorescens, begge farver eller ingen overhovedet.Dette giver en heterogen prøve, der skal opdeles i sine bestanddele og de dele overlappende enheder, der skal visualiseres samt kvantificeres.

679
0
1
Kollegium