Sådan oprettes en FBF fil

Sådan oprettes en FBF fil Comstock / Comstock / Getty Images

Protein databank (FBF) filer bruges af beregningsmæssige biologer til at studere protein struktur, funktion og egenskaber, såsom narkotika binding.FBF filer er tilgængelige fra forskellige arkiver og er en industri-standard format til visning af tekniske data fra strukturelle eksperimenter såsom røntgendiffraktion eller kernemagnetisk resonans.FBF fil skabelse er yderst kompliceret og kræver en grundig forståelse af omfattende strukturelle kemi, programmering af software og avancerede bioinformatik.Online værktøjer bruges nu til noget forenkle denne.Selvom kræves ved hvert skridt, kodning og programmering detaljer er udeladt fra den følgende sammenfatning af FBF filoprettelse hjælp af RCSB FBF værktøjer.

hvad du har brug

  • bredbåndsadgang til internettet
  • proteinkrystallografi rå datafiler

FBF filoprettelse i RCSB Data Bank

  1. Saml tekniske data vedrørende protein eller nukleinsyre af interesse ved hjælp af sin struktur, som brugeren skal h

    ave opnået før starten.Sequence arkiver såsom UniProt eller BLAST er normalt anvendes til dette.Hvis der bruges ligander eller andre bindende molekyler, prøv ligand Expo.En omfattende liste over filer og data er nødvendig for FBF-filen for at være komplet, og det kan omfatte følgende: koordinere filer, struktur faktor filer, sekvensinformation, kilde oplysninger, biologisk samling, dataindsamlingsmetode, databehandling metode, statistik forraffinement, software og værktøjer anvendes.

  2. Analyser de tekniske data for målproteinet at afgøre, om den eksperimentelle metode anvendt til at indsamle de numeriske værdier var røntgendiffraktion af kernemagnetisk resonans.

  3. Ændre data i et format, som online-værktøj vil forstå ved at konvertere det ved hjælp RCSB er "SF-Tool." Sørg for, at de indtastede data var den endelige korrigerede protein krystal, kendt som den krystallografiske raffinement.En liste over definitioner og dataformater er tilgængelig på hjemmesiden.

  4. Kør "FBF Uddrag 4" eller andre former for ADIT, som vil kompilere og forberede de eksperimentelle data for deposition som en FBF fil.For at gøre dette, skal du indtaste den endelige post-raffinement koordinater, filer beskriver struktur faktorer og alle logfiler.De online værktøjer vil automatisk udtrække kun de relevante statistikker og tekniske data, såsom struktur løsning, skalering eller raffinement.Også indsende alle relevante data, som ikke var medtaget i de oprindelige filer, såsom forfatterens navn og citation oplysninger.

  5. Bekræft, at strukturen er korrekte.Dette omfatter validering oplysninger såsom filformat, strukturelle koordinater eller faktor filer.Også validere sekvensen indeholdt i data skabelon for fejl såsom manglende side-chain tætheder, kloning artefakter eller rensning tags.Eventuelle fejl skal redigeres her ved hjælp ADIT eller andre kommandolinje-værktøjer.

Tips & amp;Advarsler

  • Bemærk at der er mange kommercielle softwarepakker til rådighed, der forenkler denne procedure, men disse vil stadig kræve en høj grad af kendskab og viden om bioinformatik og biokemi.
  • FBF-fil skabelse er uegnet til lægfolk eller utrænede personer på grund af den absolutte krav om en forståelse af strukturel kemi og andre specialiserede biokemiske eller bioinformatiske discipliner.Opsøge en erfaren forsker for en demonstration af hans metoder, da forskellige laboratorier vil få adgang til og bruge forskellige værktøjer.Forsøg ikke dette uden forudgående uddannelse, som en forkert eller beskadiget FBF-fil kan blive fejlagtigt indgives til et arkiv og forårsage problemer for andre brugere.FBF arkiver er berygtet for sådanne fejl og uoverensstemmelser.

Ressourcer

  • RCSB FBF
936
0
1
Kollegium